W momencie zawiązania Spółki Akcyjnej Krakowskiego Holdingu Komunalnego kapitał akcyjny wniesiony do Spółki w formie pieniężnej wynosił 100.000 zł, a kapitał zapasowy 200.000 zł.
W wyniku wniesienia do KHK S.A. przez Gminę Miejską Kraków aportu w postaci akcji i udziałów Spółek mających utworzyć podatkową grupę kapitałową Walne Zgromadzenie Akcjonariuszy 20 września 1996 roku podjęło uchwałę o podwyższeniu kapitału akcyjnego o kwotę 858.210.000 zł. Po zarejestrowaniu przez Sąd Rejestrowy ww. podwyższenia, kapitał akcyjny KHK S.A. na koniec 1996 roku wynosił 858.310.000 zł.
Obecnie w wyniku kolejnych podwyższeń w latach 2000 - 2016 kapitał zakładowy KHK S.A. wynosi 1.294.130.000,00 zł.
Jedynym akcjonariuszem Spółki jest Gmina Miejska Kraków.