W krakowskiej instalacji prowadzony jest ciągły pomiar parametrów, które wykorzystywane są do sterowania procesem termicznego przekształcania odpadów, w tym pomiar temperatury i stężenia tlenu w komorze spalania, parametrów spalin (m.in. stężenia O2, prędkości przepływu, temperatury, ciśnienia, zawartości wilgoci) oraz stężeń zanieczyszczeń emitowanych do atmosfery.

Zgodnie z wymogami prawnymi instalacja wyposażona jest w ciągły monitoring spalin oparty o metody referencyjne, połączony z automatyką Zakładu oraz umożliwiający wgląd do nich przez uprawnione instytucje. Informacja ta wyświetlana jest również na tablicy świetlnej przy wjeździe na teren ZTPO oraz na stronie internetowej. System monitoringu emisji zanieczyszczeń w spalinach spełnia wymagania m.in. rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 30 października 2014 roku w sprawie wymagań w zakresie prowadzenia pomiarów wielkości emisji oraz pomiarów ilości pobieranej wody (Dz.U. z 2014 r. poz. 1542.).

Przebieg całego procesu kontrolowany jest przez centralny system sterowania i kontroli znajdujący się w centralnej dyspozytorni w głównym budynku procesowym oraz przez system kontroli jakości dostarczanych odpadów. Za system kontroli jakości odpowiedzialne jest zakładowe laboratorium, wyposażone w sprzęt niezbędny do wykonywania badań umożliwiających monitorowanie pracy poszczególnych instalacji zakładu według metodyk referencyjnych określonych we właściwych przepisach i normach.

Wybrana technologia termicznego przekształcania odpadów komunalnych jest najlepiej sprawdzoną i najczęściej stosowaną w Europie. Zakład spełnia wysokie wymagania BAT (Best Available Techniques), czyli najlepszych dostępnych technik, co oznacza że zakład jest bezpieczny dla ludzi i środowiska.